Un salarié en arrêt maladie, c'est une situation courante. Mais derrière la simplicité apparente se cache un mécanisme complexe : maintien de salaire, indemnités journalières, subrogation, carence, prévoyance… Beaucoup d'employeurs naviguent à vue. Ce guide fait le point sur vos obligations et les bonnes pratiques.
1. Les indemnités journalières de Sécurité sociale (IJSS)
Conditions d'ouverture des droits
Pour percevoir des IJSS maladie, le salarié doit justifier :
- Arrêt de moins de 6 mois : 150 heures de travail au cours des 3 mois civils précédents, OU avoir cotisé sur un salaire ≥ 1 015 × SMIC horaire au cours des 6 mois précédents
- Arrêt de plus de 6 mois : 12 mois d'affiliation + 600 heures de travail sur les 12 mois précédents
Calcul des IJSS en 2026
L'IJSS maladie = 50 % du salaire journalier de base, plafonné à 1/730e de 1,8 × plafond annuel de la Sécurité sociale.
En 2026 :
- Plafond annuel SS = 47 100 € → plafond mensuel = 3 925 €
- Salaire journalier de base max = (1,8 × 47 100) / 730 = 116,11 €/jour
- IJSS max = 116,11 × 50 % = 58,06 €/jour (avant PAS)
Le délai de carence
L'Assurance Maladie applique un délai de carence de 3 jours : les IJSS ne sont versées qu'à partir du 4e jour d'arrêt. Ce délai s'applique à chaque nouvel arrêt (sauf rechute dans les 48 heures).
📖 Référence : Articles L. 321-1, R. 323-1 et R. 323-4 du Code de la sécurité sociale.
2. Le maintien de salaire employeur (loi de mensualisation)
Vos obligations légales
L'article L. 1226-1 du Code du travail impose un maintien de salaire sous conditions :
- 1 an d'ancienneté minimum dans l'entreprise
- Justification par certificat médical dans les 48 heures
- Prise en charge par la Sécurité sociale
Durée et montant (barème légal)
| Période | Maintien |
|---|---|
| Jours 1 à 7 (carence employeur) | Selon convention collective |
| Du 8e au 30e jour | 90 % du salaire brut |
| Du 31e au 60e jour | 66,66 % (2/3) du salaire brut |
⚠️ Ces durées augmentent avec l'ancienneté : +10 jours par tranche de 5 ans, dans la limite de 90 jours à 90 % et 90 jours à 2/3.
Le rôle de la convention collective
La convention collective est souvent plus favorable que la loi :
- Certaines CCN prévoient un maintien à 100 % dès le 1er jour
- D'autres suppriment ou réduisent le délai de carence employeur
- Les conditions d'ancienneté peuvent être abaissées
📖 Référence : Articles L. 1226-1 et D. 1226-1 à D. 1226-8 du Code du travail.
3. La subrogation : comment ça marche ?
Définition
La subrogation signifie que l'employeur perçoit directement les IJSS à la place du salarié, et continue à lui verser son salaire (ou un complément) normalement. Le salarié reçoit son virement habituel sans interruption.
Quand pratiquer la subrogation ?
La subrogation est obligatoire lorsque l'employeur maintient le salaire en totalité ou en partie pendant l'arrêt, et que ce maintien est au moins égal aux IJSS.
En pratique, dès que vous maintenez le salaire → vous devez subroger.
La mécanique en paie
- Vous déclarez l'arrêt en DSN (signalement d'événement sous 5 jours)
- Vous cochez « subrogation » avec les dates et votre RIB employeur
- La CPAM verse les IJSS sur votre compte (délai : 2 à 4 semaines)
- Vous déduisez les IJSS du brut (méthode de la déduction) ou les ajoutez puis déduisez (méthode de la « garantie du net »)
Les deux méthodes de calcul
Méthode 1 — Déduction des IJSS (la plus courante) :- Salaire brut maintenu − IJSS brutes = brut soumis à cotisations
- Bulletin plus simple, mais le net peut varier légèrement
- On calcule le net que le salarié aurait perçu en travaillant
- On ajuste le complément employeur pour atteindre exactement ce net
- Plus complexe mais plus juste pour le salarié
4. Le régime social et fiscal des IJSS
IJSS maladie (non professionnelle)
- CSG/CRDS : 6,2 % CSG + 0,5 % CRDS sur 100 % des IJSS
- Impôt sur le revenu : les IJSS maladie sont imposables (soumises au PAS)
- Pas de cotisations sociales (pas d'URSSAF, pas de retraite)
Particularité en cas de subrogation
Quand l'employeur subroge, c'est lui qui précompte la CSG/CRDS et le PAS sur les IJSS. Le net versé au salarié est donc déjà « net de tout ».
Le piège du décalage de trésorerie
La CPAM peut mettre 3 à 6 semaines pour verser les IJSS subrogées. Pendant ce temps, vous avancez le salaire. Pour une PME avec plusieurs arrêts simultanés, l'impact en trésorerie peut être significatif.
Conseil : Suivez vos IJSS à recevoir dans un tableau de suivi, et relancez la CPAM si le délai dépasse 4 semaines.5. La prévoyance complémentaire
Au-delà du maintien légal
Une fois le maintien de salaire employeur épuisé (30 à 90 jours selon l'ancienneté), le salarié ne perçoit plus que les IJSS — soit environ 50 % de son salaire. C'est là qu'intervient la prévoyance complémentaire.
L'obligation de prévoyance pour les cadres
Depuis la CCN des cadres de 1947 (aujourd'hui ANI du 17 novembre 2017), les employeurs doivent souscrire une prévoyance couvrant au minimum le décès des cadres. En pratique, la plupart des contrats couvrent aussi l'incapacité et l'invalidité.
En pratique sur le bulletin
Les indemnités de prévoyance suivent un régime social spécifique :
- La part financée par l'employeur est soumise à cotisations
- La part financée par le salarié est exonérée
- L'ensemble est soumis à CSG/CRDS et à l'impôt sur le revenu
Les bons réflexes employeur
- ✅ Signalement DSN sous 5 jours dès réception de l'arrêt
- ✅ Vérifier la CCN pour le maintien applicable (souvent plus favorable que la loi)
- ✅ Subroger systématiquement si vous maintenez le salaire
- ✅ Suivre les IJSS à recevoir pour éviter les trous de trésorerie
- ✅ Anticiper la prévoyance pour les arrêts longs
La gestion des arrêts maladie vous prend la tête ?
Entre la CPAM, le maintien conventionnel, la subrogation et la prévoyance, un seul arrêt maladie peut générer des heures de travail administratif. Chez Peggy Paie, nous gérons tout cela pour vous — du signalement DSN au suivi des IJSS.
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